図のような1本のエッジに対して3つ目のフェースがつながっているポリゴンを「非多様体」といいます。 (シェーディング表示では分かりません。下の図でハイライトしているのが余分な非多様体フェースです。)


確認方法
確認するには、スムーズ表示にする。 もしくは メッシュ > クリーンアップ□(オプションを選択)を使います。
スムーズ表示

クリーンアップ…□ (オプション)

オブジェクトモードで選択し、上図の「一致するポリゴンの選択」を選び、「非多様体ジオメトリ」をチェックしてください。 「適用」ボタンをクリックして頂点が選択された場合はそこに「非多様体」が存在します。 選択が解除されれば問題はありません。
解決方法
クリーンアップ オプションで、「一致するポリゴンのクリーンアップ」を選択し、「適用」ボタンをクリックすれば解決することもあります。
スムーズ表示にしてもまだ形状が不自然な場合は、直接問題のフェースを削除します。
図のように邪魔になるフェースを選択し、Hキーを押して隠しておきます。


問題のフェースを選択し、deleteキーを押して削除します。
スムーズ表示にして確認します。

マージ
まだ表示が不自然な場合は、頂点を「マージ」します。
オブジェクトモードで選択し、シェルフの「マージ」ボタン(下図)を押してください。 「しきい値」が表示されたらデフォルトのままでOKです。 Qキーを押して「選択ツール」に戻ります。

隠したフェースを元に戻す
隠しておいたフェースを表示するには、 Ctrl (control) + Shift + H キーを押します。


以上で「非多様体」についての説明は終わりです。
移動ツールを使う場合、Shiftキーを押しながらドラッグしてしまうとエッジが押し出されて「非多様体」フェースが作られてしまうケースが多いと思います。
